Malinalco estuvo poblado con gente de raigambre matlazinca, también por los chichimecas. Durante un periodo hubo cierto entendimiento entre los aztecas y los malinalcas.

El nombre de Malinalco se compone de malinalli, planta gramínea llamada “zacate del carbonero”, con ellas se hacen las sacas del carbón y las cuerdas o mecates con que las atan; de xóchitl, "flor", y de co, "en", y significa: “Donde se adora a Malinalxóchitl, la flor del malinalli”.